呼吸器マイクロバイオームは、下気道、特に粘膜層と上皮表面に見られる複雑で多様な微生物からなる肺微生物群集です。これらの微生物には、細菌、真菌、ウイルス、バクテリオファージが含まれます。微生物叢の細菌部分はさらに詳しく研究されています。それは、プレボテラ、スフィンゴモナス、シュードモナス、アシネトバクター、フソバクテリウム、メガスファエラ、ベイロネラ、ブドウ球菌、および連鎖球菌の 9 つの属の中核で構成されています。それらは好気性細菌であると同時に、嫌気性細菌および空気耐性細菌でもあります。微生物群集は特定の個人において非常に多様であり、約 140 の異なる科で構成されています。たとえば、気管支樹には、表面 1 平方センチメートルあたり平均 2000 個の細菌ゲノムが含まれています。有害な細菌、または有害な可能性のある細菌は、呼吸器検体からも日常的に検出されます。最も重大なものは、モラクセラ・カタルハリス、インフルエンザ菌、および肺炎球菌です。これらは、特定の条件下、つまり人間の免疫系が損なわれている場合に呼吸器疾患を引き起こすことが知られています。健康な人の下気道にそれらが残留するメカニズムは不明です。一般的に見られる真菌属は、肺の微生物叢で肺マイコバイオームを構成しており、カンジダ、マラセチア、ネオサルトリア、サッカロミセス、アスペルギルスなどが含まれます。
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